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Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

更新時(shí)間：2026-01-12   點(diǎn)擊次數(shù)：65次

Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

 

細(xì)胞如何精確掌控基因的表達(dá)時(shí)空？其核心機(jī)制在于調(diào)控蛋白間錯(cuò)綜復(fù)雜的相互作用——這些蛋白協(xié)同決定了染色質(zhì)的可及性與三維構(gòu)象。這套精密的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)不僅塑造了細(xì)胞的身份特征，也維系著基因組的穩(wěn)定；一旦紊亂，便會(huì)誘發(fā)多種疾病。值得注意的是，基因調(diào)控主要作用于單個(gè)線性染色質(zhì)分子層面，因此要繪制完整的染色質(zhì)調(diào)控圖譜，亟需一種能在高分辨率下同步捕獲多重染色質(zhì)特征的技術(shù)，F(xiàn)iber-seq正是為實(shí)現(xiàn)這一愿景而誕生的創(chuàng)新方法。


 

  什么是 Fiber-seq？ 

2020年, 華盛頓大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)在“Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing" 一文中發(fā)表突破性成果, 正式推出Fiber-seq技術(shù)。該方法依托第三代測(cè)序平臺(tái)-PacBio HiFi, 可在核苷酸分辨率上解析長達(dá)數(shù)千堿基的染色質(zhì)纖維初級(jí)結(jié)構(gòu)。

 

Fiber-seq 的核心優(yōu)勢(shì)在于能夠從單條染色質(zhì)纖維同步獲取遺傳與表觀遺傳圖譜。其策略是利用甲基轉(zhuǎn)移酶Hia5對(duì)開放染色質(zhì)區(qū)域的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成N?-甲基腺嘌呤 (6mA) 標(biāo)記, 從而將染色質(zhì)可及性信息“ 印刻 "(stencil) 到DNA分子上。隨后,通過Pacific Biosciences® (PacBio®) HiFi或Oxford Nanopore Technologies® (ONT) 等長讀長測(cè)序技術(shù), 可在單個(gè)DNA分子上并行檢測(cè)這些人工引入的6mA標(biāo)記與內(nèi)源性DNA甲基化修飾, 實(shí)現(xiàn)真正的單分子多組學(xué)分析

 

如需購買Epicypher公司產(chǎn)品，請(qǐng)聯(lián)系Epicypher授權(quán)代理商欣博盛生物。


  Fiber-seq的工作流程  

Fiber-seq 的工作流程簡單且可擴(kuò)展(見下圖)：

Fiber-seq 的工作流程簡單且可擴(kuò)展.jpg

 

● 標(biāo)記開放染色質(zhì)：提取細(xì)胞核, 并與 CUTANA™ Hia5 短暫孵育10分鐘。該酶會(huì)對(duì)可接近的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成 N6-甲基腺嘌呤(6mA)。

● 建庫與測(cè)序：使用標(biāo)準(zhǔn)的長讀長文庫制備方法, 對(duì)基因組DNA進(jìn)行純化和建庫, 適用于 PacBio 或 Nanopore 測(cè)序平臺(tái)。

● 分析長讀長測(cè)序數(shù)據(jù)：長讀長測(cè)序平臺(tái)能夠同時(shí)檢測(cè) “ 標(biāo)記 "(stenciled) 的甲基化信號(hào)和內(nèi)源性DNA甲基化, 從而生成單分子水平的染色質(zhì)特征圖譜。研究人員還可將數(shù)據(jù)匯總, 進(jìn)行群體水平的分析。

 

  Fiber-seq 結(jié)果案例  

Fiber-seq 結(jié)果案例.jpg

● 圖例所示為：CUTANA™ Fiber-seq 在人白血病細(xì)胞(K562)中同時(shí)檢測(cè)開放染色質(zhì)(以N?-甲基腺嘌呤，即6mA標(biāo)記)和DNA甲基化(5mC)。該圖將Fiber-seq結(jié)果與ATAC-seq及CTCF CUT&RUN數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。CTCF是一種結(jié)合DNA的蛋白，可調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，通常富集于開放染色質(zhì)區(qū)域。Fiber-seq圖譜中的每條水平線代表一條長讀長序列，展示了來自60條獨(dú)立染色質(zhì)纖維的單DNA分子數(shù)據(jù)。

 

  Epicypher的CUTANA™Fiber-seq試劑盒可以提供什么？  

Fiber-seq技術(shù)為染色質(zhì)生物學(xué)、表觀基因組學(xué)及疾病機(jī)制研究開辟了全新視角，應(yīng)用前景廣闊。為推動(dòng)該技術(shù)的普及應(yīng)用，Epicypher與PacBio合作，憑借其在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的深厚積淀，已將CUTANA™ Hia5酶(貨號(hào): 15-1032-8rxn,15-1032-24rxn)商業(yè)化，并全新推出CUTANA™ Fiber-seq試劑盒(貨號(hào): 14-2001-8rxn,14-2001-24rxn)。該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑：

 

ltem

Cat. No.

CUTANATM Hia5 For Fiber-seg

15-1032

CUTANATM  Fiber-seq Kit SAM

21-1034

CUTANATM Fiber-seq Kit Pre-1X Reaction Buffer                      

21-1033

CUTANATM Pre-Nuclei Extraction Buffer

21-1021

1 M Spermidine

21-1005

Proteinase K

15-1033

RNase A

15-1034

gDNA Spin Columns

10-0016

gDNA Collection Tubes

10-0017

gDNA Cell Lysis Buffer

21-1029

gDNA Binding Buffer

21-1030

gDNA Wash Buffer

21-1031

gDNA Elution Buffer

21-1032

 

推薦的Fiber-seq起始樣本量為：每反應(yīng)使用1,000,000個(gè)原代人細(xì)胞核。該試劑盒已成功應(yīng)用于凍存細(xì)胞核及輕度交聯(lián)的細(xì)胞核(有關(guān)最-新操作建議, 請(qǐng)參閱技術(shù)支持中心)。

 

  Epicypher CUTANA™ Fiber-seq試劑盒的主要優(yōu)勢(shì)：

● 單次檢測(cè)，多組學(xué)洞察：Fiber-seq 可在一次實(shí)驗(yàn)中同時(shí)分析染色質(zhì)可及性、DNA甲基化和遺傳變異，將通常需要三種或更多獨(dú)立實(shí)驗(yàn)才能獲得的信息整合到一次長讀長測(cè)序(long-read sequencing，LRS)實(shí)驗(yàn)中。

● 完整解決方案：該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑。

● 用戶友好資源：配套的《用戶手冊(cè)》可以提供詳細(xì)實(shí)驗(yàn)流程、質(zhì)量控制(QC)要點(diǎn)、常見問題解答(FAQ)以及專家建議，助您快速上手；此外，經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的《快速啟動(dòng)卡》(Quick-Start Card)以簡潔格式呈現(xiàn)操作步驟，便于實(shí)驗(yàn)臺(tái)旁隨時(shí)查閱。 (需要這些資源的友友們可以聯(lián)系Epicypher一級(jí)代理商欣博盛生物)。

● 輕松整合工作流程：Fiber-seq 可在常規(guī)長讀長測(cè)序文庫制備前直接進(jìn)行，整個(gè)流程耗時(shí)不到2小時(shí)，并且所用試劑均經(jīng)過驗(yàn)證，與主流LRS平臺(tái)(如 PacBio 和 Oxford Nanopore)的文庫制備試劑盒兼容。

● 搭載 Hia5 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶：Hia5 是目前活性最-高的 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶，為 CUTANA Fiber-seq 試劑盒獨(dú)-家使用。這種高活性酶可顯著縮短孵育時(shí)間，從而實(shí)現(xiàn)更高分辨率的蛋白質(zhì)足跡檢測(cè)。

嚴(yán)格的質(zhì)量控制：每一批次產(chǎn)品均經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)控檢測(cè)，確保各組分在您的研究中提供穩(wěn)定一致的結(jié)果。

 

Fiber-seq是一項(xiàng)突破性技術(shù), 能夠在單條染色質(zhì)纖維水平上同步繪制遺傳與表觀遺傳特征圖譜。僅需一次實(shí)驗(yàn), 即可獲得原本需整合ATAC-seq、ChIP-seq和亞硫酸氫鹽測(cè)序等多種方法數(shù)據(jù)才能實(shí)現(xiàn)的深度洞察。Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒提供的試劑可支持從細(xì)胞直接制備出適用于Pacific Biosciences®(PacBio®HiFi測(cè)序) 或 Oxford Nanopore Technologies®（ONT®納米孔測(cè)序）文庫構(gòu)建流程的純化基因組DNA。

 

Epicypher CUTANA™ Fiber-seq 試劑盒已全新上線 , 期待與您共創(chuàng)未來 ！?

 

 

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